3年前，面对古拉特斯压倒性的军力，地球70%的都市被摧毁了，总人口丧失了三分之一。古拉特斯军占领地球大部分地区后，在美国的纽约建立了巨型的要塞作为司令部，并利用武力和恐怖政策来支配地球的人类。
1999年10月，在纽约的一家制衣厂里，安娜等职员由于私自藏匿抵抗组织的宣传录音带而被古拉特斯文化纠正队逮捕。而前来救她的纽约抵抗组织的戴卫德也被俘虏了。在监狱里，令他们感到震惊的是前来审问他们的竟然是3年前的同伴罗安·迪米特里奇，难道短短3年就能令人如此大的改变吗，安娜和戴卫德无法理解。
安娜和戴卫德将被公开处死。虽然面临死亡，戴卫德仍坚持呼唤周围的同胞站起来斗争，但迫于古拉特斯军的力量，周围的人中除了住安娜制衣厂的少年马殊外，没有人敢站出来。就在行刑队将枪口对准安娜等人时，人群中突然出现了一个让安娜熟悉的身影，运用熟练的格斗技术击倒了身旁的古拉特斯士兵，并驾驶随后赶来的雷兹纳击退了前来支援的TS终结者警察部队，救出了安娜和戴卫德。而这个人正是3年前失踪的飞鸟英二。别离三年的英二终于又回来了，此时的安娜沉浸在幸福之中。
此时在古拉特斯的司令部，新来上任的司令官鲁·凯恩正和他的父亲、前任司令官古雷斯库就是否要消灭纽约图书馆和大都会美术馆进行着争辩。最后他不顾父亲的反对，亲自帅领部队将纽约图书馆彻底焚毁了，因为他认为要使地球顺利的古拉特斯化必须将地球的一切文化消灭，而代以古拉特斯的文化。
这天，传说中的“高斯古的圣女”所带领的和平请愿团来到了纽约。混在人群中的英二认出了圣女正是他的姐姐究莉亚。这时鲁·凯恩带着死鬼队挡在路请愿团的路前。死鬼队的古斯特罗认出了究莉亚并企图当众侮辱她以发泄长久以来的仇恨。英二为了救姐姐，提出了与古斯特罗一对一决斗，如果输了则自己的命任凭鲁·凯恩处治；如果赢了则鲁·凯恩不许再刁难请愿团。鲁·凯恩欣然同意，但条件是双方都不用火器。虽然古斯特罗使用种种卑鄙的手段，但最后英二还是成功的击败了他。鲁·凯恩按照约定撤退了，而战败的古斯特罗则被鲁·凯恩关进了监狱并准备处死。
回到基地的鲁·凯恩准备一举消灭抵抗组织的据点，但是却发现所有的据点都只是空壳。为此鲁·凯恩开始怀疑起了身为参谋的地球人罗安，罗安为了表示忠诚，将英二等抵抗组织成员正在秘密聚会的消息告诉了鲁·凯恩。此时，英二等人正在废弃的码头仓库为庆祝三年后的重逢而举行着聚会。但是仓库突然间被罗安所率领的治安部队包围，英二等人只得从下水道中逃走。
在古拉特斯的监狱，古斯特罗成功的越狱了，并且驾驶MF德鲁基恩来到了究莉亚所住的地方，将究莉亚抓走了。得到消息的英二立刻驾驶雷兹纳前去营救。但是古斯特罗却利用究莉亚做挡箭牌，使英二无法动手，不过最后英二还是乘古斯特罗的机械身体发生故障无法活动的一刹那，发动了V-MAX救出了究莉亚。而古斯特罗的座机则被奉命前来的死鬼队其它三人击破了。然而，古斯特罗并没有死，在修理好自己的身体后，他便开始了自己的复仇计划。这时，在收到罗安的情报后，鲁·凯恩派出的死鬼队正在攻击抵抗组织的地下秘密工厂。面对死鬼队三人的攻击，英二难以应付。而古斯特罗这时也潜入了基地，并用火箭筒攻击死鬼队的其它三人，以报复他们曾经追杀过自己并引起了死鬼队的内讧，而古斯特罗自己也在混战中被踩死。英二乘机发动V-MAX系统击败了死鬼队。
受古雷斯库的命令卡露拉将究莉亚捉到了古拉特斯的司令部。英二驾驶雷兹纳前往救援。却不了遭到鲁·凯恩的攻击，在撒卡鲁的V-MAX二次超加速面前败了下来。正当鲁·凯恩逼问英二古拉特斯祖先的秘密时，卡露拉奉古雷斯库的命令前来抹杀雷兹纳，鲁·凯恩为了弄清楚父亲的想法，拦住了她并放走了英二，自己则回司令部向父亲追问……
（ACT II 完）