在与鲁·凯恩交战中受到毁灭性打击的雷兹纳被运送到了抵抗组织的秘密工厂里。在那里，基鲁巴特博士依照雷兹纳的资料，利用地球的技术，制造了新雷兹纳。但就在英二要将雷兹纳的电脑数据转移到新雷兹纳时，隐藏程序弗隆却拒绝执行。最后英二在英二劝说下，终于成功的将雷兹纳的电脑资料转移到了新雷兹纳上。
回到司令部的鲁·凯恩，立刻前去见他的父亲古雷斯库，并且质问他的父亲为什么要插手他和英二的战斗以及为什么要捉走究莉亚。面对儿子的追问，古雷斯库令卡露拉将究莉亚带来了过来，并让她把古拉特斯祖先和地球祖先的秘密告诉了鲁·凯恩。长久以来，鲁·凯恩一直坚信古拉特斯人是最优秀的种族，而只有优秀的人才能支配其他人，当听到究莉亚和自己父亲所说的事实后，彻底击溃了他的自信。在激烈争吵后，古雷斯库决定要对儿子鲁·凯恩提出罢免，愤怒和混乱的鲁·凯恩一怒之下开枪射中了自己的父亲。中弹的古雷斯库夺过了鲁·凯恩手中的手枪，出人意料的是他竟然开枪杀死了儿子身后的卡露拉。为了自己的儿子和古拉特斯的支配，古雷斯库决定将所有知道秘密的人杀死，但是当他想向究莉亚开枪时，却因伤势过重而死了。
古雷斯库死了，而鲁·凯恩成为了新的统治者。为了继承父亲的遗愿，建立古拉特斯和地球的理想国家，鲁·凯恩开始按照自己的方式做。他首先提拔了地球人参谋罗安，并宣布只要优秀的人无论种族他都将重用，并且派出部队将地球的一切旧的东西全部毁灭，他要在废墟之上建立自己的理想国家。没有了古雷斯库的制约，鲁·凯恩踏上了独裁者的路。为了防止本星的干涉，鲁·凯恩又派人将所有的联络卫星给摧毁了，切断了和古拉特斯星的联系。同时还处死了一批想向本星联络弹劾他的将官，不过得到消息的古拉特斯本星还是派来了新的舰队和司令官。自己的理想即将化为泡影，痛苦的鲁·凯恩在父亲的灵柩前请求究莉亚为自己和父亲的灵魂祈祷。但是究莉亚却独自离去了，鲁·凯恩也没有阻止她，放走了究莉亚。
离开鲁·凯恩司令部的究莉亚来到了抵抗组织的基地，见到了自己的弟弟英二，并告诉他自己决定使用祖先留下的遗迹来阻止这无意义的战争。英二驾驶雷兹纳带着姐姐前往遗迹，而戴卫德等人也驾驶地球的SPT跟随而去。在途中，究莉亚将古拉特斯祖先和地球祖先的秘密告诉了众人。到达遗迹后，究莉亚独自进入了遗迹，而英二等人则驾驶SPT负责在遗迹发动前保护它。但是面对随后而来的众多古拉特斯SPT部队，抵抗组织寡不敌众，只能退入遗迹内部。在古拉特斯司令部，认为胜利在握的鲁·凯恩将指挥权交给了身边的罗安，自己则回房休息了。
1999年12月31日，遗迹在雷兹纳的保护下飞上了宇宙。面对上升的遗迹，负责包围遗迹的古拉特斯SPT部队不断向司令部发出下达攻击命令的通讯。但是在司令部，代理司令罗安却发出了撤退指示。这时罗安终于公开了自己是地球抵抗组织成员的身份，并且带领领抵抗部队占领了司令部。愤怒的鲁·凯恩顾不上处置罗安，亲自驾驶SPT撒卡鲁前去追击飞向宇宙的遗迹，走前他发誓一定会回来。
赶上遗迹的撒卡鲁与保护遗迹的雷兹纳相遇，双方各自发动了V-MAX系统。最后两人一起被吸进了遗迹。在遗迹里他们见到了究莉亚。为了阻止究莉亚发动遗迹，鲁·凯恩企图开枪杀死她，可是SPT在遗迹却无法动弹。愤怒的鲁·凯恩跳出了机舱向究莉亚扑去，想用自己的手结果了她，但是英二挡在了他的面前，两人扭打起来。究莉亚制止了他们，在和弟弟告别后，究莉亚将英二和雷兹纳送出了遗迹，自己则和鲁·凯恩一起留在了遗迹里。此时究莉亚终于答应了替鲁·凯恩进行祈祷，而鲁·凯恩也终于得到了心灵上的安慰。遗迹被发动了，地球和古拉特斯间的空间被封闭了。今后的数百乃至数千年里地球人和古拉特斯人不会再次相遇。在宇宙漂浮的英二驾驶雷兹纳回到了地球，他要帮助那些留在地球的古拉特斯人，更重要的是那里有他所重视的人……
（ACT III 完）